樣本間交叉污染
主要是在采（取）樣的過程中，由于取樣工具之間的交叉造成污染；或者在核酸提取的過程中，由于移液器、離心管等使用不當導致的污染。
PCR試劑的污染
主要是在PCR試劑配制過程中，由于移液器、容器、陰性對照及其它試劑被核酸模板或陽性對照污染。
質粒的污染
在實驗室操作中經常會用到陽性參考品，這些陽性參考品大多數是由某些質粒制作而成，質粒在單位容積內濃度高，不小心使用極易造成污染。
PCR擴增產物污染
這是PCR反應中常見的污染問題。因為PCR產物拷貝量大，遠遠高于PCR檢測數個拷貝的極限，所以極微量的PCR產物污染，就可造成假陽性結果。還有一種容易忽視，可能造成PCR產物污染的形式是氣溶膠污染，在空氣與液體面摩擦時就可形成氣溶膠，據計算一個氣溶膠顆粒可含4.8萬拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題。
PCR實驗室又叫基因擴增實驗室，實時熒光定量PCR技術是DNA定量技術的一次飛躍，是用于放大特定的DNA，可看作生物體外的特殊DNA。通過DNA基因系統，能迅速掌握患者體內的病毒含量，其度高達納米級別。
PCR檢測方法具有靈敏度高、特異性高、快捷、對樣品要求低等優點，因此被臨床醫生廣為認可，已廣泛應用于醫院的臨床診斷和各防疫檢測部門的禽疫病診斷。
在國家政策和疫情發展的推動下，各地區各級醫院都開始或者準備建立獨立合規的PCR實驗室，都已具備核酸檢測能力已經成為各機構。但由于各地區疫情的差異化使得長期低風險地區的一些核酸實驗室除了具備應急功能之外幾乎處于停滯狀態。此類情況也是各級醫院領導在建立實驗室擔心的問題，投入了資金和精力但又不能給醫院帶來創收。
需要注意以下問題：
實驗室使用的基因擴增儀，熒光定量PCR儀都是高精度儀器。一旦儀器出現一些溫度或者檢測上的小偏差，則很可能對實驗結果產生較大的影響。因此，學會日常保養和維護是尤為重要的。
1、儀器安置
儀器應安放在濕度較低、灰塵較少并遠離水源和熱源的地方，無腐蝕性氣體或強磁場干擾。
環境溫度建議在18~35℃之間。儀器之間應保持50cm 以上距離，降低儀器之間的影響。
2、樣品臺、熱蓋定期清潔
用95%乙醇配合棉簽、無塵布等工具，清潔樣品臺。之后運行PCR儀，設定保持溫度為50℃，約5~10min，讓殘余液體揮發去除。另外，熱蓋也應該用酒精或純水定期清洗，確保熱蓋清潔，溫控性能良好。對于熒光定量PCR，清潔樣品臺和熱蓋的同時，去除灰塵等雜物，保證光路清潔，降低信號干擾。
3. 使用前預熱
老款的PCR儀的性能比不上新款儀器，使用前需要進行預熱，不僅對儀器維護有好處，還能節約實驗時間。新款的儀器升溫快，但還是建議能在進行實驗前預熱2min，這樣可以有效延長儀器的使用壽命。
4. 定期運行維護
1.PCR儀器需要定期檢測，視制冷方式而定一般半年至少一次。
2.PCR反應的要求溫度與實際分布的反應溫度是不一致的，當檢測發現各孔平均溫度差偏離設置溫度大于1～2℃時，可以運用溫度修正法糾正PCR實際反應溫度差。
3.PCR反應過程的關鍵是升、降溫過程的時間控制，要求越短越好，當PCR儀的降溫過程超過60s，就應該檢查儀器的制冷系統，對風冷制冷的PCR儀要較地清理反應底座的灰塵；對其他制冷系統應檢查相關的制冷部件。
4.一般情況如能采用溫度修正法糾正儀器的溫度時，不要輕易打開或調整儀器的電子控制部件，必要時要請人員修理或利用儀器電子線路詳細圖紙進行維修。
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